MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius Tc-4-1 chromosome

Total Repeats: 7206

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
7001	NC_017167	CG	3	6	2999297	2999302	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
7002	NC_017167	TGG	2	6	3000249	3000254	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
7003	NC_017167	GGC	2	6	3000303	3000308	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
7004	NC_017167	CAC	2	6	3000320	3000325	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
7005	NC_017167	AGG	2	6	3000443	3000448	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
7006	NC_017167	ATG	2	6	3003233	3003238	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
7007	NC_017167	CAT	2	6	3003240	3003245	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
7008	NC_017167	GCG	2	6	3003310	3003315	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
7009	NC_017167	TCC	2	6	3006980	3006985	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
7010	NC_017167	ATG	2	6	3008016	3008021	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
7011	NC_017167	GCCG	2	8	3008042	3008049	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
7012	NC_017167	GCC	2	6	3008113	3008118	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
7013	NC_017167	TGGT	2	8	3010811	3010818	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
7014	NC_017167	GT	3	6	3010817	3010822	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
7015	NC_017167	CGT	2	6	3012101	3012106	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
7016	NC_017167	GC	3	6	3012111	3012116	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
7017	NC_017167	AC	3	6	3012118	3012123	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
7018	NC_017167	TCT	2	6	3012248	3012253	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
7019	NC_017167	TA	3	6	3012398	3012403	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
7020	NC_017167	TGGA	2	8	3012404	3012411	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
7021	NC_017167	AGA	2	6	3012412	3012417	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
7022	NC_017167	CGA	2	6	3012424	3012429	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
7023	NC_017167	ACG	2	6	3013538	3013543	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
7024	NC_017167	AG	3	6	3013566	3013571	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
7025	NC_017167	AGG	2	6	3013589	3013594	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
7026	NC_017167	CGG	2	6	3013914	3013919	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
7027	NC_017167	ACCCGC	2	12	3021214	3021225	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
7028	NC_017167	GCC	2	6	3021295	3021300	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
7029	NC_017167	TGC	2	6	3021307	3021312	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
7030	NC_017167	CA	3	6	3021313	3021318	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
7031	NC_017167	CCT	2	6	3022388	3022393	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
7032	NC_017167	CAGC	2	8	3022397	3022404	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
7033	NC_017167	ACG	2	6	3023237	3023242	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
7034	NC_017167	AAGGA	2	10	3024293	3024302	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
7035	NC_017167	GCCA	2	8	3024303	3024310	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
7036	NC_017167	GAT	2	6	3024336	3024341	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
7037	NC_017167	CGC	2	6	3029691	3029696	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
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7039	NC_017167	TCC	2	6	3029714	3029719	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
7040	NC_017167	TCC	2	6	3029771	3029776	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
7041	NC_017167	CCG	2	6	3029778	3029783	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
7042	NC_017167	GAG	2	6	3029824	3029829	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
7043	NC_017167	GAG	2	6	3030791	3030796	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
7044	NC_017167	AGG	2	6	3032247	3032252	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
7045	NC_017167	GCC	2	6	3033480	3033485	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
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7047	NC_017167	TATTT	2	10	3035956	3035965	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
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7049	NC_017167	GCG	2	6	3039106	3039111	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
7050	NC_017167	GGC	2	6	3039170	3039175	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
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7052	NC_017167	GGA	2	6	3039357	3039362	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
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7055	NC_017167	CCG	2	6	3039445	3039450	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
7056	NC_017167	TCG	2	6	3039454	3039459	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
7057	NC_017167	CCG	2	6	3040322	3040327	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
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7059	NC_017167	CCG	2	6	3040545	3040550	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
7060	NC_017167	TCG	2	6	3040554	3040559	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
7061	NC_017167	CCT	2	6	3040580	3040585	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
7062	NC_017167	CAC	2	6	3040596	3040601	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
7063	NC_017167	CCG	2	6	3040617	3040622	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
7064	NC_017167	TCG	2	6	3040626	3040631	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
7065	NC_017167	GCC	2	6	3040672	3040677	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
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7069	NC_017167	CCG	2	6	3040790	3040795	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
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7072	NC_017167	CTT	2	6	3047706	3047711	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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7076	NC_017167	CG	3	6	3049492	3049497	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
7077	NC_017167	CTCCG	2	10	3049726	3049735	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
7078	NC_017167	GCC	2	6	3053159	3053164	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
7079	NC_017167	CGG	2	6	3053186	3053191	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
7080	NC_017167	C	6	6	3053197	3053202	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
7081	NC_017167	GCAG	3	12	3053205	3053216	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
7082	NC_017167	GAG	2	6	3053396	3053401	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
7083	NC_017167	CCGC	3	12	3055770	3055781	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
7084	NC_017167	GC	3	6	3055780	3055785	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
7085	NC_017167	GCG	2	6	3055805	3055810	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
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7088	NC_017167	GCA	2	6	3055874	3055879	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
7089	NC_017167	CCTCC	2	10	3056338	3056347	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
7090	NC_017167	CG	3	6	3056421	3056426	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
7091	NC_017167	CGC	2	6	3058588	3058593	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
7092	NC_017167	TTGCG	2	10	3058733	3058742	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
7093	NC_017167	CTC	2	6	3058787	3058792	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
7094	NC_017167	GGAAG	2	10	3059784	3059793	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
7095	NC_017167	CGA	2	6	3061902	3061907	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
7096	NC_017167	GAG	2	6	3061949	3061954	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
7097	NC_017167	TCC	2	6	3063555	3063560	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
7098	NC_017167	GTT	2	6	3063615	3063620	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
7099	NC_017167	ACG	2	6	3063720	3063725	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
7100	NC_017167	CA	3	6	3063730	3063735	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
7101	NC_017167	CCT	2	6	3063743	3063748	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
7102	NC_017167	ATG	2	6	3063801	3063806	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
7103	NC_017167	CT	3	6	3063927	3063932	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
7104	NC_017167	GA	3	6	3064263	3064268	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
7105	NC_017167	AGG	2	6	3064306	3064311	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
7106	NC_017167	CGT	2	6	3064356	3064361	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
7107	NC_017167	AGG	2	6	3064377	3064382	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
7108	NC_017167	GT	3	6	3064646	3064651	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
7109	NC_017167	CAA	2	6	3064699	3064704	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
7110	NC_017167	GAT	2	6	3064751	3064756	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
7111	NC_017167	GCG	2	6	3064801	3064806	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
7112	NC_017167	TTGA	2	8	3064837	3064844	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
7113	NC_017167	TTG	2	6	3064928	3064933	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
7114	NC_017167	CG	3	6	3064994	3064999	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
7115	NC_017167	CTC	2	6	3065056	3065061	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
7116	NC_017167	CGA	2	6	3065271	3065276	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
7117	NC_017167	GGAA	2	8	3065318	3065325	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
7118	NC_017167	TTAT	2	8	3065891	3065898	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
7119	NC_017167	GGC	2	6	3065950	3065955	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
7120	NC_017167	ACGCG	2	10	3065992	3066001	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
7121	NC_017167	GATT	2	8	3066019	3066026	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
7122	NC_017167	CCT	2	6	3066029	3066034	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
7123	NC_017167	TCA	3	9	3066663	3066671	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
7124	NC_017167	GTC	2	6	3066716	3066721	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
7125	NC_017167	CCG	2	6	3066765	3066770	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
7126	NC_017167	GTC	2	6	3066821	3066826	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
7127	NC_017167	T	6	6	3066868	3066873	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
7128	NC_017167	CCG	2	6	3067318	3067323	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.